Author
Message
Admin
Hierarchy:
Joined:
Posts/Uploads:
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted:
28/11/2006 02:26 AM
Βακτηριακή επικοινωνία, Deinococcus Radioduran & PCR Method
This topic is locked: you cannot make replies. Please create a new topic if you want to reply or simply post!
Αυτή η θεματική ενότητα είναι πλέον κλειδωμένη: δεν μπορείτε να δημοσιεύσετε εδώ. Παρακαλούμε δημιουργήστε μία νεα θεματική ενότητα εάν θέλετε να σχολιάσετε τα παρακάτω γραφόμενα ή απλά να δημοσιεύσετε οτιδήποτε σχετικό με τη συγκεκριμένη Δημόσια Συζήτηση!
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | |
Return | |
Go Back
| |
Forums
| |
Virtual Folders (Up/Downloads)
| |
Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 06/08/2007 09:40 PM
Βακτηριακή επικοινωνία
Έχει αποδειχθεί τα τελευταία χρόνια ότι τα βακτήρια επικοινωνούν μεταξύ τους με τη χρήση χημικών μορίων.Όπως γνωρίζουμε,αυτές οι μικροσκοπικές μορφές ζωής βρίσκονται σε δυο καταστάσεις:1.Ελεύθερα και απομονωμένα και 2.Συγκεντρωμένα σε μια αποικία.Στη πρώτη κατάσταση,οι μικροοργανισμοί στέλνουν διαρκώς μόρια σήματα για να εντοπίσουν άλλα στελέχη που ανήκουν στο ίδιο είδος.Στη συνέχεια ξεκινά η συγκέντρωση των βακτηρίων και η έκκριση των μορίων συνεχίζεται χωρίς διακοπή.Όταν ο αριθμός των βακτηρίων ξεπεράσει ένα όριο,τότε καταλαβαίνουμε ότι η συγκέντρωση του χημικού μορίου-σήματος είναι υψηλή.Όταν ξεπεράσει ένα όριο,τότε οι μικροοργανισμοί αντιλαμβάνονται το μέγεθος του πληθυσμού τους και ενεργοποιούν ορισμένα γονίδια.Χαρακτηριστικά παραδείγματα που σχετίζονται με τη βακτηριακή επικοινωνία είναι η βιοφωταύγεια,η έκκριση τοξικών ουσιών,ο σχηματισμός βιοφιλμ κ.α.
Το φαινόμενο αυτό παρατηρήθηκε στο βακτήριο Vibrio fischeri το οποίο χαρακτηρίζεται για τη βιοφωταύγεια του.Πρόκειται για ένα συμβιωτικό μικροοργανισμό το οποίο εντοπίζεται σε όργανα πλασμάτων του βυθού,όπως του καλαμαριού Euprymna Scolopes.Τι γίνεται?Έχει δυο πρωτείνες,την LuxI και την Lux οι οποίες παράγονται απο τα αντίστοιχα γονίδια.Η LuxI είναι υπεύθυνη για τη παραγωγή του επαγωγέα,δηλαδή του σήματος (ομοσερίνη της λακτόνης).Όταν το σήμα αυξηθεί αρκετά τότε η πρωτείνη LuxR δεσμεύει το μόριο και ενεργοποιεί το οπερόνιο LuxCDABE,το οποίο κωδικοποιεί το ένζυμο λουσιφεράση,υπεύθυνο για τη βιοφωταύγεια.
Το ίδιο σύστημα ισχύει και για τα παθογόνια βακτήρια,τα οποία δεν παράγουν τις τοξικές τους ουσίες όταν βρίσκονται σε μικρούς αριθμούς διότι το ανοσοποιητικό σύστημα θα αντιδράσει και τότε bye bye.Όμως όταν φτάσει σε ένα μεγάλο αριθμό,ξεκλειδώνει το τοξικό του οπλοστάσιο και αρχίσει μια μάχη μέσα στο οργανισμό.Τι μας χρησιμεύει λοιπόν η βακτηριακή επικοινωνία?Ωραία επικοινωνούν.Σήμερα τα αντιβιοτικά δεν έχουν τη ίδια δύναμη.Δυστυχώς εμφανίζονται νέα στελέχη,όπως του S.Aureus τα οποία είναι ανθεκτικά απέναντι στη δράση των αντιβιοτικών.Αυτό οφείλεται στη αλόγιστη κατανάλωση αντιβιοτικών απο τον άνθρωπο με αποτέλεσμα να κάνουν την εμφάνιση τους εξελιγμένα βακτήρια.Οπότε αν μπορέσουμε να μπλοκάρουμε τα σήματα,τότε τα βακτήρια δεν θα μπορούν να ενεργοποιούν τα χημικά τους όπλα και θα εξουδετερώνονται πιο εύκολα απο το ανοσοποιητικό σύστημα χωρίς να υπάρχουν περιθώρια εξέλιξης του μικροοργανισμού.Διάφορες έρευνες που έχουν γίνει,έχουν καταφέρει να μπλοκάρουν τα σήματα.Όμως πειραματικά!Ίσως η νέα γενιά αντιβιοτικών θα έχει στόχο την καταπολέμηση των εποικωνιακών συστημάτων.
Αυτό το είδος επικοινωνίας έχει παρατηρηθεί μεταξύ μικροοργανισμών διαφόρων ειδών και σε μύκητες.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 06/08/2007 10:15 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 06/08/2007 10:16 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 07/08/2007 12:37 AM
Δεν είμαι σίγουρος.Ορισμένα είδη θα είναι εκείνα που θα μπορούν να οδηγήσουν σε μια μετάλλαξη.Νομίζω είναι σπάνιο.Ελπίζω να μην κάνω λάθος.Πάντως είμαι σίγουρος ότι οι ιοί μπορούν να οδηγήσουν σε μετάλλαξη και έπειτα σε καρκινογένεση.Αυτό ήταν και ένα πρόβλημα της γονιδιακής θεραπείας. Ερώτηση:Μπορώ να συνεχίσω εδώ???Η έκανα λάθος???Μπορώ να κάνω άλλα ποστ ή δεν είναι ο σωστός ο χώρος?
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 07/08/2007 01:45 AM
ty
ennoeitai oti mporeis na sunexiseis edw!!
bebaia an 8eleis na anaptu3eis allo 8ema ektos biologias 'h na anebaseis mh sxetika me biologia arxeia, psa3e ligo sta Forums kai sta Topics tous gia na postareis sto katallhlotero (8ematika) 'h na ftia3eis kainourio Topic sto katallhlotero Forum. Epishs, kai se la8os shmeio na ginei to opoiodhpote post 'h anebasma arxeiou mhn anhsuxeis, kapoia stigmh 8a ginei ta3inomhsh ap'ton admin kai 8a topo8eth8oun ola sthn swsth 8esh.
Επεξηγηματική Σημείωση: μπορείς να ανεβασεις αρχεία χωρίς κανέναν περιορισμό (ούτε ταχύτητας ούτε όγκου) είτε στα "Virtual Folders": "SHARED INBOX" και "RESEARCH PUBLICATIONS", εάν επιθυμείς να τα μοιραστείς με τους υπόλοιπους χρήστες, ή στο "Virtual Folder" που έχει το δικό σου Ονομα Χρήστη στην περίπτωση που θέλεις να τα αποθηκεύσεις απλά ως προσωπικό backup. Μπορείς επισης να ανεβάσεις ένα αρχείο μεγέθους έως και 200 MBytes χωρίς κανέναν άλλο περιορισμό στην περιοχή των Δημοσίων Συζητήσεων (Forums), σε περίπτωση που επιθυμείς να το μοιραστείς με τους υπόλοιπους χρήστες. Χρησιμοποίησε την θεματικά κατάλληλη Δημόσια Συζήτηση (Forum) για την δημοσίευση του αρχείου σου, σύμφωνα με το περιεχόμενό του!
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 07/08/2007 02:16 AM
On 07/08/2007 12:37 AM, Dr House wrote:
lbrQUOTESTARTrbrΔεν είμαι σίγουρος.Ορισμένα είδη θα είναι εκείνα που θα μπορούν να οδηγήσουν σε μια μετάλλαξη.Νομίζω είναι σπάνιο.Ελπίζω να μην κάνω λάθος.Πάντως είμαι σίγουρος ότι οι ιοί μπορούν να οδηγήσουν σε μετάλλαξη και έπειτα σε καρκινογένεση.Αυτό ήταν και ένα πρόβλημα της γονιδιακής θεραπείας. lbrQUOTEENDrbr
Από λίγο που έψαξα, σωστά τα λες!
Γονιδιακή θεραπεία; Για δώσε λεπτομέρειες please!
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 07/08/2007 06:30 PM
On 07/08/2007 02:16 AM, sofouli wrote:
lbrQUOTESTARTrbr On 07/08/2007 12:37 AM, Dr House wrote:
lbrQUOTESTARTrbrΔεν είμαι σίγουρος.Ορισμένα είδη θα είναι εκείνα που θα μπορούν να οδηγήσουν σε μια μετάλλαξη.Νομίζω είναι σπάνιο.Ελπίζω να μην κάνω λάθος.Πάντως είμαι σίγουρος ότι οι ιοί μπορούν να οδηγήσουν σε μετάλλαξη και έπειτα σε καρκινογένεση.Αυτό ήταν και ένα πρόβλημα της γονιδιακής θεραπείας. lbrQUOTEENDrbr
Από λίγο που έψαξα, σωστά τα λες! Γονιδιακή θεραπεία; Για δώσε λεπτομέρειες please! lbrQUOTEENDrbr
Δόθηκε απάντηση για την γονιδιακή θεραπεία thanks to "Dr House"
Βρίσκεται εδώ:
http://teledos.webhop.org/msg.ghp?forumid=5&id=17#las07/08/2007%2012:13%20PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 08/08/2007 09:05 PM
Deinococcus radiodurans
O Deinococcus radiodurans είναι ένας Gram θετικός κόκκος ο οποίος αντέχει στην ακτινοβολία.Έχει την ικανότητα να ανταπτύσσεται κοντά σε ατομικούς αντιδραστήρες και σε πηγές ακτινοβολίας.Η ανακάλυψη του έγινε εντελώς τυχαία.Κατα την αποστείρωση των κονσερβών με ακτίνες παρατήρησαν πως ακόμη και μετά την διαδικασία,το περιεχόμενο έμφάνιζε αλλοιώσεις.Αντέχει μέχρι και 30.000 Gy ενώ πρέπει να τονιστεί πως ο άνθρωπος μπορεί να αντέξει λιγότερο απο 5 Gy.H επιβίωση του στηρίζεται στη ύπαρξη ισχυρών μηχανισμών επιδιόρθωσης του DNA.Η ακτινοβολία σπάει σε τμήματα το DNA και έτσι καταστρέφεται το γενετικό υλικό.Στο συγκεκριμένο βακτήριο η κατάσταση είναι διαφορετική.Τα θραύσματα δεν απομακρύνονται στον ενδοκυττάριο χώριο και με αυτό το τρόπο δρούν οι μηχανισμοί επιδιόρθωσης.Επίσης διαθέτει τέσσερα αντίγραφα του γενετικού υλικού τα οποία είναι απομονωμένα σε τέσσερις χώρους.Αυτό σημαίνει πώς όταν η βλάβη που έχει υποστεί το DNA του είναι μεγάλη,τότε μεταφέρεται το κατεστραμμένο γενετικό υλικό σε ένα απο τους χώρους και χρησιμοποιεί ως πρότυπο το αντίγραφο για την επιδιόρθωση.
Ο Deinococcus radiodurans ή αλλιώς "Κόναν" μπορεί να εντοπιστεί στο χώμα,τη σκόνη,τον φιλτραρισμένο αέρα και τον κιμά.Είναι ανθεκτικός ακόμα και σε χημικά μεταλλαξιογόνα.
Η ικανότητα του να αντέχει στην ακτινοβολία ενισχύει την θεωρία της πανσπερμίας.Δηλαδή η ζωή μπορεί να μεταφέρθεί σε διάφορους πλανήτες με τη χρήση κομητών και μετεωριτών
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 08/08/2007 09:35 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 08/08/2007 10:14 PM
On 08/08/2007 09:05 PM, Dr House wrote:
lbrQUOTESTARTrbr Deinococcus radioduransO Deinococcus radiodurans είναι ... Είναι ανθεκτικός ακόμα και σε χημικά μεταλλαξιογόνα... lbrQUOTEENDrbr
edw einai an8ektikos sthn aktinobolia, den 8a htan sta xhmika pou apo8etoun kata polu ligoterh epiblabh energeia sta kuttara??
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 09/08/2007 07:04 AM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 09/08/2007 08:16 PM
Δεν θυμάμαι τη δράση των μεταλλαξιογόνων.....
sorry
Επίσης μη ξεχάσω ότι ο Deinococcus radiodurans είναι ευαίσθητος σε ένα χημικό μεταλλαξιογόνο,τη νιτροζογουανιδινη.Πιστεύω ότι κάποτε αυτός ο μικροοργανισμός θα χρησιμοποιηθεί στη Ιατρική αν και ορισμένοι ερευνητές είναι αρνητικοί ως προς το θέμα αυτό.Θα δούμε........
Στο φύλο Δεινόκοκκοι ανήκει και το γένος Thermus.Συγκεκριμένα το Thermus aquaticus χρησιμοποιείται στη PCR,μια εφαρμογή της σύγχρονης γενετικής.Η διαδικασία αυτή απαιτεί υψηλές θερμοκρασίες και για αυτό το λόγο χρησιμοποιούμε τη DNA πολυμεράση του βακτηρίου.Οι πρωτείνες και τα ένζυμα καταστρέφονται σε υψηλές θερμοκρασίες με αποτέλεσμα να μην είναι λειτουργικές.Όμως το Thermus aquaticus είναι θερμόφιλο βακτήριο το οποίο σημαίνει αντοχή σε υψηλή θερμοκρασία.Οπότε η DNA Πολυμεράση του,η οποία είναι απαραίτητη για τη διαδικασία αντιγραφής του DNA είναι η κατάλληλη για τη εφαρμογή της PCR.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 09/08/2007 11:39 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 10/08/2007 12:22 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 18/08/2007 09:40 PM
Θα απαντήσω σύντομα σχετικά με το θέμα PCR.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 28/08/2007 02:51 PM
H PCR είναι μια σύγχρονη μέθοδος της Γενετικής η οποία αναπτύχθηκε τη δεκαετία του 80.Χρησιμεύει στο πολλαπλασιασμό τμημάτων DNA.Η διαδικασία είναι απλή,λίγο χρονοβόρα αλλά και πολύ ευαίσθητη.Διότι εάν κατα την απομόνωση του DNA,δηλαδή του τμήματος που θέλουμε να πολλαπλασιάσουμε,επιμολυνθεί το δείγμα ( δηλαδή χωρίς γάντια ή αν ακουμπήσει σε κάποια επιφάνεια ),έχουμε ένα προιον το οποίο μας είναι άχρηστο.Δηλαδή υπάρχει περίπτωση να πολλαπλασιαστούν άσχετα τμήματα,πχ το δικό μας.Σε τι μας χρησιμεύει......Στη διάγνωση αλλά και στη έρευνα.Στη διάγνωση χρησιμοποιείται ώς αξιόπιστη εξέταση ανίχνευσης του ιού HIV.Έχει μεγάλη ακρίβεια και μπορεί να ανιχνεύσει το ιό μετά απο 10 μέρες νομίζω σε αντίθεση με την συνηθισμένη ανοσολογική μέθοδο, η οποία βρίσκει τα αντισώματα μετά απο 3 μήνες απο τη μόλυνση.Δηλαδή είναι εγγύηση διότι οι ανοσολογικές μέθοδοι δεν δίνουν 100% αποτελέσματα και για αυτό το λόγο το εξεταζόμενο άτομο έχει κάποια ελπίδα να μήν είναι πραγματικά άρρωστος.Οπότε η τελευταία λύση είναι η μοριακή μέθοδος.Η PCR μπορεί να χρησιμοποιηθεί και για την εξακρίβωση πατρός.Πώς λειτουργεί......Έπειτα απο το πολλαπλασιασμό των τμημάτων του DNA,το προιόν περνάει απο τη διαδικασία της ηλεκτροφόρησης και σχηματίζονται σε ένα ειδικό gel ΄"μπάντες",δηλαδή συγκεκριμένες ζώνες.Αν οι ζώνες είναι πανομοιότυπες,σημαίνει ότι είναι θετικό.
Γενικά η πιθανότητα λάθους είναι πάρα μα πάρα πολυ μικρή.Η PCR έχει πολλές παραλλαγές τις οποίες θα τις αναλύσω αργότερα,είναι λίγο δύσκολες απλά έχω και μερικές απορίες.......
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 03:15 AM
oooopppsssss, kalws sas briskw!!! kefalia mesa loipon!
thanks gia thn apanthsh sou!
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 06:47 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 07:03 PM
On 28/08/2007 02:51 PM, Dr House wrote:
lbrQUOTESTARTrbr...έχει κάποια ελπίδα να μήν είναι πραγματικά άρρωστος.Οπότε η τελευταία λύση είναι η μοριακή μέθοδος...lbrQUOTEENDrbr
Κάθε φορά που δημοσιεύεις, αναφέρεσαι όλο και σε κάποια καινούρια μέθοδο που μου είναι (οπως μάλλον και σε αλλούς αναγνώστες) άγνωστη και ηχεί ως κάτι εξωτικό...
Τι είναι πάλι αυτή η μοριακή μέθοδος και πώς χρησιμοποιείται;; Για λέγε εμπεριστατωμένα όταν μπορέσεις.
πι.ες.: δεν είμαι σχετική με τα αντικείμενα της βιολογίας και γενικότερα των θετικών επιστημών, αλλά μ'ενδιαφέρουν οι τεχνολογικές εξελήξεις και μου αρέσει να διαβάζω διάφορα σχετικά εκλαϊκευμένα κείμενα...
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 07:12 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 07:39 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 08:03 PM
Η κλασική μέθοδος είναι η ανοσολογική όπου ψάχνουμε τα αντισώματα έναντι του HIV.Απλά τι γίνεται....σε αυτές τις περιπτώσεις υπάρχει περίπτωση να δοθούν ψευδώς θετικά αποτελέσματα.Δηλαδή απο μικρά σταγονίδια,διάφορες αντιδράσεις,λάθος χειρισμό,δηλαδή μετράνε διάφοροι παράγοντες και να βγεί ψεύτικο.Οπότε επαναλαμβάνεται η εξέταση.Επανάληψη γίνεται και για τις ηπατίττιδες.Αν βγεί θετική,τότε πάλι υπάρχουν αμφιβολίες.Ίσως ναι,ίσως όχι.Οπότε η τελευταία ελπίδα είναι η μοριακή μέθοδος.Υπάρχουν αρκετοί που έχουν βγεί αρνητικοί παρόλο που έβγαινε θετικό το αποτέλεσμα με τη κλασική μέθοδο.Απλά μοριακή μέθοδο,λέμε τη PCR και διάφορες άλλες.Ηλεκτροφόρηση......Ποτέ δεν συμπάθησα τη θεωρία της και πάντα τη αντιπαθούσα και δεν την ξέρω καλά.Απλά, ηλεκτροφόρηση κάνουμε και στις πρωτείνες.Τι γίνεται,σε ένα ειδικό gel βάζουμε το δείγμα προς ανάλυση και υπο τη επίδραση του ρεύματος,κινείται το δείγμα αφήνοντας ζώνες πάνω στο gel.Φυσικά όλα αυτα είναι καθορισμένα,δηλαδή γνωρίζουμε τάση ρεύματος και τα λοιπά.Και έτσι συγκρίνουμε τα αποτελέσματα.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 09:42 PM
θενξ!
Παραπάνω είχες γράψει οτι είναι πιθανό να βγει λάθος το αποτέλεσμα και με την πι σι αρ για τους ίδιους λόγους που μπορεί να βγει λάθος και το αποτέλεσμα της ανοσολογικής μεθόδου (ή μήπως δεν κατάλαβα καλά;;). Βέβαια αντιλαμβάνομαι οτι παρότι και οι δύο μέθοδοι έχουν παρόμοια προβλήματα, η μοριακή εξ αυτών δίνει πολύ πιο γρήγορα τ΄ αποτελέσματα (10 ημέρες όπως είπες
), πράγμα που την καθιστά σαφώς καλύτερη της κλασσικής! Τελικά υπάρχει μέθοδος που να δίνει 100% σίγουρα αποτελέσματα στις βιοχημικές αναλύσεις αυτού του είδους;;
Τώρα μου δημιουργείται και μια άλλη βασική απορία: Γιατί να μην γίνει η ανάλυση του δείγματος κατευ8είαν με πι σι αρ, αλλά να περιμένει ο ενδιαφερόμενος 3 μήνες για να την κάνει με την πιο αναξιόπιστη, όπως λες, ανοσολογική μέθοδο;; Δεν είναι εύλογο το ερώτημά μου;
Μήπως ο ανασταλτικός παράγοντας για την εφαρμογή της μοριακής μεθόδου είναι το υψηλό κόστος και η έλλειψη εξειδικευμένων εργαστηρίων σε τέτοιου είδους αναλύσεις;;
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 30/08/2007 09:57 PM
On 28/08/2007 02:51 PM, Dr House wrote:
lbrQUOTESTARTrbr...Η PCR έχει πολλές παραλλαγές τις οποίες θα τις αναλύσω αργότερα,είναι λίγο δύσκολες απλά έχω και μερικές απορίες...lbrQUOTEENDrbr
Τώρα το είδα: Λές για παραλλαγές, αλλά δεν αναφέρεσαι καθόλου στην διαδικασία που ακολουθείται για να πραγματοποιηθεί η PCR στη βασική της μορφή...
Απ΄ ότι καταλαβαίνω, παραπάνω αναφέρεσαι μόνο σε μερικούς από τους λόγους χρήσης της και όχι στους βιο-φυσικοχημικούς μηχανισμούς που πραγματοποιούνται κατά την εφαρμογή της μεθόδου, ούτε στις βασικές αρχές που διέπουν την όλη διαδικασία
Θα με ενδιέφερε λοιπόν, όπως και άλλους αναγνώστες πιστεύω, εκτός από τις παραλλαγές να μάθω και τα παραπάνω για την βασική PCR μέθοδο...
Γράψε αν θέλεις σχετικά όποτε βρεις χρόνο. Σ΄ ευχαριστώ προκαταβολικά!
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 31/08/2007 01:41 AM
Λόγω του κόστους των αντιδραστηρίων δεν εφαρμόζεται απευθείας εκτός αν το επιθυμεί ο εξεταζόμενος.Επίσης δεν έχουν όλα τα εργαστήρια θερμικό κυκλοποιητή,μηχάνημα απαραίτητο για το πολλαπλασιασμό του DNA.Απλά οι μοριακές μέθοδοι είναι εγγύηση και είναι απίθανο να βγεί θετικό το αποτέλεσμα με δεύτερη εξέταση με μοριακή μέθοδο και ο εξεταζόμενος να είναι αρνητικός.Θα περιγράψω τη διαδικασία...
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 31/08/2007 02:11 PM
PCR
Η δίκλωνη έλικα του DNA αποδιατάσσεται σε υψηλή θερμοκρασία.Οι εκκινητές (ολιγονουκλεοτίδια), οι οποίοι είναι συμπληρωματικοί της κάθε αλυσίδας επεμβαίνουν και ενώνονται σε ένα ορισμένο σημείο της αλυσίδας εφόσον έχουν σπάσει οι δεσμοί που συνδέουν τις δυο αλυσίδες μεταξύ τους.Όμως για την ένωση των εκκινητών απαιτείται η πτώση της θερμοκρασίας.Άρα 1 στάδιο.Αποδιάταξη του DNA σε θερμοκρασία των 94 C και 2 στάδιο αναδιάταξη στους 50 - 70 καθώς τότε σχηματίζονται εκ νέου οι δεσμοί.Και τέλος έχουμε το τρίτο στάδιο το οποίο είναι της επιμήκυνσης,δηλαδή της αντιγραφή του DNA με το ένζυμο της DNA πολυμεράσης σε θερμοκρασία των 72 C.Όπως ανέφερα και πριν,τα ένζυμα καταστρέφονται σε θερμοκρασία των 40 βαθμών και παύουν να είναι λειτουργικά.Αλλά το βακτήριο Thermus aquaticus,το οποίο είναι θερμόφιλο, αντέχει σε ψηλές θερμοκρασίες άρα και η DNA πολυμεράση του είναι ανθεκτική σε τέτοια θερμοκρασία.Επιστροφή στη PCR.Έχουμε 2 αλυσίδες στο δείγμα μας οι οποίες είναι συνδεδεμένες η κάθε μια με ένα εκκινητή σε ένα ορσμένο σημείο της κάθε μιας.Άρα η μια είναι ολόκληρη και η άλλη καθόλου.Έτσι στη θερμοκρασία των 72 βαθμών το ένζυμο λειτουργεί και αρχίσει την αντιγραφή της ημιτελούς αλυσίδας μέχρι σε κάποιο σημείο.Φυσικά καμια φορά, η αντιγραφή συνεχίζεται ώς πέρα απο το σημείο οπου θέλουμε αλλά δεν επηρρέαζει τίποτα.Έτσι τελειώνει ο θερμικός κύκλος,δηλαδή απο μια αλληλουχία DNA,έχουμε 2.Αλλά φυσικά η διαδικασία επαναλαμβάνεται διαρκώς και έτσι οι 4 τέσσερις αλυσίδες σπάνε, συνδέονται ξανά με εκκινητές και αρχίζει ξανά η αντιγραφή.Οπότε θα έχουμε 8 αλληλουχίες και πάει λέγοντας και μετά απο καποιο χρονικό περιθώριο,έχουμε ένα μεγάλο αριθμό αλληλουχιών όμοιων με τη πρώτη.Και περνά μετά στη διαδικασία της ηλεκτροφόρησης,όπου οι αλληλουχίες σχηματίζουν χαρακτηριστικές ζώνες και τις συγκρίνουμε.πχ. στη εξακρίβωση του πατρός κάποιες ζώνες πρέπει να συμπίπτουν με εκείνες του παιδιού.Αν δεν συμπίπτουν,τότε........διαζύγιο
.
Φυσικά πρέπει να εξηγήσω οτι οι εκκινητές είναι γνωστοί και σταθεροί και γνωρίζουμε ότι στο τάδε σημείο της αλυσίδας πρέπει να κολλήσουν,δηλαδή δεν χρησιμοποιούμε στη τύχη και όπου κολλήσει.Επίσης,το μειονέκτημα,δηλαδή αν πέσει κάποιο κυττάρο δικό μας,κατά την παρασκευή του δείγματος ή αν ακουμπήσει κάπου και πέσει κανα βακτήριο,τότε οι εκκινητές θα κολλήσουν σε ξένα κομμάτια και θα πολλαπλασιαστούν και εκείνα.Άρα λάθος και καταστροφή του δείγματος αλλά αυτό φαίνεται το αποτέλσμα στη ηλεκττροφόρηση,θα σχηματιστούν διαφορετικές ζώνες οι οποίες δεν θα έπρεπε να εμφανιστούν.Ενώ στη ανοσολογική εξέταση αυτό δεν φαίνεται ότι έχει γίνει λάθος.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 31/08/2007 08:43 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 31/08/2007 08:52 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 31/08/2007 09:03 PM
Principle of the PCR
The purpose of a PCR (
P olymerase
C hain
R eaction) is to make a huge number of copies of a gene. This is necessary to have enough starting template for sequencing.
The cycling reactions :
There are three major steps in a PCR, which are repeated for 30 or 40 cycles. This is done on an automated cycler, which can heat and cool the tubes with the reaction mixture in a very short time.
Denaturation at 94°C : During the denaturation, the double strand melts open to single stranded DNA, all enzymatic reactions stop (for example : the extension from a previous cycle).
Annealing at 54°C : The primers are jiggling around, caused by the Brownian motion. Ionic bonds are constantly formed and broken between the single stranded primer and the single stranded template. The more stable bonds last a little bit longer (primers that fit exactly) and on that little piece of double stranded DNA (template and primer), the polymerase can attach and starts copying the template. Once there are a few bases built in, the ionic bond is so strong between the template and the primer, that it does not break anymore.
extension at 72°C : This is the ideal working temperature for the polymerase. The primers, where there are a few bases built in, already have a stronger ionic attraction to the template than the forces breaking these attractions. Primers that are on positions with no exact match, get loose again (because of the higher temperature) and don't give an extension of the fragment. The bases (complementary to the template) are coupled to the primer on the 3' side (the polymerase adds dNTP's from 5' to 3', reading the template from 3' to 5' side, bases are added complementary to the template)
Figure 3 : The different steps in PCR. (pdf file of this picture)
Because both strands are copied during PCR, there is an exponential increase of the number of copies of the gene. Suppose there is only one copy of the wanted gene before the cycling starts, after one cycle, there will be 2 copies, after two cycles, there will be 4 copies, three cycles will result in 8 copies and so on.
Figure 4 : The exponential amplification of the gene in PCR.
Is there a gene copied during PCR and is it the right size ?
Before the PCR product is used in further applications, it has to be checked if :
There is a product formed. Though biochemistry is an exact science, not every PCR is successful. There is for example a possibility that the quality of the DNA is poor, that one of the primers doesn't fit, or that there is too much starting template
The product is of the right size It is possible that there is a product, for example a band of 500 bases, but the expected gene should be 1800 bases long. In that case, one of the primers probably fits on a part of the gene closer to the other primer. It is also possible that both primers fit on a totally different gene.
Only one band is formed. As in the description above, it is possible that the primers fit on the desired locations, and also on other locations. In that case, you can have different bands in one lane on a gel.
Figure 5 : Verification of the PCR product on gel.
The ladder is a mixture of fragments with known size to compare with the PCR fragments. Notice that the distance between the different fragments of the ladder is logarithmic. Lane 1 : PCR fragment is approximately 1850 bases long. Lane 2 and 4 : the fragments are approximately 800 bases long. Lane 3 : no product is formed, so the PCR failed. Lane 5 : multiple bands are formed because one of the primers fits on different places.
Figure 6 : Animated picture of PCR.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 31/08/2007 10:55 PM
Σωστά αλλά δεν είμαι σίγουρος ότι γίνεται εξέταση με PCR για την ηπατίτιδα,ειδικά για τη C.Αν βγεί θετικό με τη δεύτερη μέτρηση,υπάρχει μια ειδική εξέταση που χρησιμοποιείται για επιβεβαίωση και νομίζω είναι και αυτή ανοσολογική.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
sofouli
Hierarchy:
Joined: 18/10/2006
Posts/Uploads: 199
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 01/09/2007 01:29 AM
Σας ευχαριστώ πολύ και τους δύο! Με κατατοπίσατε σε ικανοποιητικό βαθμό! Αρα αυτό που λείπει τώρα για να ολοκληρωθεί η πληροφόρηση για την PCR, είναι οι παραλλαγές της μεθόδου για τις οποίες μίλησε ο Dr House...
πι.ες.: οφείλω να ομολογήσω ότι τα κινούμενα σχέδια που δώσατε παραπάνω, κάνουν τον αναγνώστη να καταλαβαίνει με μια ματιά την μέθοδο...
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 01/09/2007 04:07 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 01/09/2007 04:13 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
Dr House
Hierarchy:
Joined: 03/08/2007
Posts/Uploads: 13
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 01/09/2007 04:58 PM
Ok,δεν έχω κανένα πρόβλημα απλά την άλλη εβδομάδα θα αρχίσω να τις αναλύω.Έχω κάποιες μικρές απορίες για ορισμένες παραλλαγές και δεν θέλω να κάνω αντιγραφή.Οπότε αν κάνετε λίγο υπομονή....λίγες μέρες ζητώ. Ενημερωτικά - παραλλαγές της PCR 1. διπλή ή εμφωλεάζουσα PCR 2.PCR με ανάστροφη τρανσκιπτάση ή αντίστροφη μεταγραφάση 3.ασύμμετρη PCR.
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
CRSMARAM
Hierarchy:
Joined: 17/09/2006
Posts/Uploads: 2492
Read about "Hierarchy Bonus"
Posted: 01/09/2007 05:06 PM
| Back to top |
|
Reply | |
Upload | | Go Back
| | Forums
| | Virtual Folders (Up/Downloads)
| | Create your Free Account
|
| Back to top |